Nació en el año 1831 en Xamirás, una de las trece aldeas pertenecientes a Acebedo del Río, provincia de Ourense. Crece en un ambiente familiar enmarcado por una gran fe en Dios, la oración, la devoción a María, la solidaridad con los más necesitados y el trabajo.
En su juventud, y sintiéndose llamado al sacerdocio, estudia en el Santuario de Nuestra Señora de los Milagros, en la provincia de Ourense. Allí su vida fue regada con un agua viva, regalo de Dios, que hizo brotar en su interior valores humano-religiosos y profundas convicciones. Todo ello le modela para acoger la llamada de Dios a entregar su vida.
Conoce allí a un sacerdote escolapio, familiar de uno de los compañeros a los que ayuda en el estudio. Este encuentro supone para Manuel (su nombre de pila) descubrir una nueva dimensión de la elección divina: ser sacerdote y, además, maestro-educador, para identificarse así con Jesús que ama, enseña y acoge a los niños. Y todo según el espíritu de José de Calasanz. La respuesta de Manuel es ¡Sí, Señor!
Ingresa en el Noviciado de las Escuelas Pías de Madrid en diciembre de 1850. Es entonces cuando cambia su nombre de Manuel por el de Faustino de la Encarnación. Hizo su Profesión de Votos Solemnes el día 16 de enero de 1853 y fue ordenado sacerdote el día 8 de marzo de 1856, en la parroquia de San Marcos de Madrid.
En 1857 es enviado a la nueva fundación escolapia de Guanabacoa, en Cuba, donde permanece durante casi tres años. En esta población se manifiestan sus dotes de educador y sus inclinaciones a la botánica y al estudio de las propiedades terapéuticas de las plantas.
En 1860 regresa de nuevo a España y es destinado a los colegios de San Fernando, Getafe y Celanova. En 1869 llega a Sanlúcar de Barrameda y permanece allí hasta 1873. Sale para desempeñar el cargo de bibliotecario en el Real Monasterio de El Escorial, donde aprovecha para seguir investigando las propiedades curativas de las plantas. Posteriormente, es enviado a Monforte de Lemos (Lugo), para desempeñar el servicio de Rector. En 1879 es destinado por segunda vez a Sanlúcar de Barrameda. Así como Calasanz vio la necesidad de escolarizar a los niños de las calles de Roma, Faustino Míguez descubrió esa misma necesidad en las niñas de Sanlúcar. Impulsado por el Espíritu, dio respuesta a esa necesidad e inició una nueva obra: la Congregación de Hijas de la Divina Pastora, con el fin último de dedicarse a la educación integral de la infancia y juventud.
Quienes lo conocieron destacan los largos ratos del día que dedicaba a la dirección espiritual, al confesionario y, sobre todo, la cercanía y humanidad con que acogía a quienes acudían a él. En definitiva, el Padre Faustino entendió su ser sacerdote escolapio como ser un hombre del pueblo y para el pueblo, educando y sanando, como Jesús de Nazaret y San José de Calasanz.
En 1888 retorna a Getafe y aquí permanecerá hasta su muerte, durante 37 años. Jubilado como maestro, seguía su actividad científica y como director espiritual. Murió a los 94 años en Getafe en 1925. Beatificado 1998 por SS. Juan Pablo II y Canonizado en SS. 2017 por Francisco.