Nació el 21 de abril de 1651, en India, fue el tercero de los seis hijos del matrimonio cristiano formado por Cristopher Vaz y María de Miranda.

estudió humanidades en la Jesuit Goa University especializándose en filosofía y teología en la San Thomas Aquinas Academy. Recibió la ordenación en 1676. Abrió una escuela de latín en Sancoale para los posibles seminaristas. Muy devoto de Nuestra Señora, en 1677 se consagró como “esclavo de María”, sellándolo con un documento conocido como su “Carta de Esclavitud”.

Fue en esta época que él se enteró de las penurias de los católicos en Ceylon; quienes sufrían persecución de los protestantes holandeses, al punto que por 50 años no habían tenido sacerdote en su comunidad. Pidió permiso para trabajar en Ceylon, pero le solicitaron fuera a Kanara. Aceptó, pero sus pensamientos y corazón estaban en Ceylon.

Como Vicario en Kanara, predicó, oyó confesiones, visitaba enfermos, ayudó a los pobres, rescató a cristianos esclavizados y trabajó para solucionar disputas jurídicas que interferían con la celebración de los sacramentos.

En 1686 se encaminó a Ceylon, disfrazado como un obrero itinerante, llegando al puerto de Tuticorin en la Pascua de 1687, y luego a la fortaleza holandesa de Jaffna en el norte de Ceylon.
Padeció disentería aguda, agravada por las condiciones terribles del viaje, apenas se recuperó empezó su misión contactando a los católicos y escondiéndose de los holandeses. Fue alojado por un valeroso católico, y atendía en la noche a su oculta feligresía. Se mantuvo siempre un paso delante de las autoridades, y en 1689 se fue a Sillalai, un poblado católico, y empezó a atender a las gentes en pueblos circundantes.

En 1690 el P. José viajó a Puttalam en el Reino de Kandy, donde 1,000 católicos no habían tenido un sacerdote por medio siglo. Decidió hacer el centro de su apostolado en Kandy, y en 1692 se mudó para allá y pidió permiso al Rey para trasladarse libremente en ese territorio. En lugar de ello, él fue aprendido por imputaciones Calvinistas de ser un espía de Portugués, y se lo encarceló con otros dos católicos. Allí él aprendió Sinhala, el idioma local, y apenas los guardias de la prisión redujeron su vigilancia, construyó una choza-iglesia y posteriormente una iglesia que dedicó a Nuestra Señora, empezando así su misión, convirtiendo a otros prisioneros.

Trabajó en la creación de una biblioteca católica comparable a la de los budistas, y en cimentar los derechos de católicos con el Gobierno protestante holandés.

En 1710, a pesar de sus problemas de salud, José hizo otro viaje apostólico. A su retorno, él cayó enfermo de su carruaje, y llegó a Kandy en condición seria. Aunque se recuperó de una serie de infecciones y fiebres durante el año siguiente, su edad, el trabajo, y las enfermedades lo habían debilitado. Inició nueve días de ejercicios espirituales prescritos por la Regla de su orden, pero antes del séptimo día, fue llamado a la casa de Dios, era el 16 de enero de 1711.

Beatificado por El Papa Juan Pablo II, el 21 de enero de 1995, durante su visita apostólica a Sri Lanka. Canonizado por el Papa Francisco en Colombo, Sri Lanka, el 14 de enero de 2015.