Nació el 15 de junio de 1892 en Chihuahua, México. Entró al seminario diocesano a los 17 años de edad, donde tuvo un buen desempeño, sin ser el mejor de los estudiantes. Entre 1913 y 1914, ante la persecución religiosa, muchos seminaristas huyeron a “El Paso” Texas, pero Pedro permaneció en la capital de Chihuahua, aunque fue también fue ordenado en “El Paso” Texas, ya que el Obispo de Chihuahua se encontraba enfermo en el Distrito Federal. Trabajó por los indígenas Tarahumaras y buscó reducir la cantidad de bebidas alcohólicas que se consumían. Vivió en el distrito de Jiménez y allí fue perseguido y en múltiples ocasiones, y golpeado por grupos masónicos aún dentro de la iglesia. Solía ayudar a los pobres con dinero y ropa, y él mismo crio y educó a un huérfano pobre. Le gustaba visitar los campos en tiempo de cosecha, y los campesinos le pedían que les bendijera los campos invadidos por plagas de langosta. Son muchos los testimonios de que más de una vez expulsó las langostas de los campos con su oración. Tuvo un interés especial en la educación católica de los niños, los jóvenes y los adultos, y les explicaba la historia de la salvación por medio de fotografías.

Entre 1926 y 1929 fue constantemente cazado según biógrafos “como a un animal”. El Padre Maldonado huyó constantemente de la policía y de los agentes de gobierno. El Viernes Santo de 1936, mientras regresaba a su escondite en el poblado llamado La Boquilla, en Santa Isabel, después de una visita para ayudar a una mujer moribunda en la vecindad de la estación del tren del mismo pueblo, fue emboscado junto con sus acompañantes.

El 10 de febrero de 1937, murió por una brutal y salvaje golpiza que le causó un severo daño cerebral y heridas en diversas partes del cuerpo. Beatificado en 1992 y canonizado en 1999 por SS. Juan Pablo II.