Nació en torno al año 1130 en León de una piadosa familia cristiana, ilustre en el lugar; los nombres de sus padres eran Juan y Eugenia. Siendo aun pequeño, su padre se retiró junto con el niño al monasterio de san Marcial, también en León, donde llevaron una vida de perfección. Muerto su padre, Martín fue ordenado subdiácono, y dejó el monasterio para ir en peregrinación: Comenzó por Compostela, siguió por Roma, y llegó a Tierra Santa. A la vuelta de su peregrinación, quiso el demonio tenderle una trampa, y fue encarcelado en Italia, confundido con un ladrón. Providencialmente alguien lo reconoció, y Martín fue liberado.
Volvió a León, fue ordenado en breve tiempo sucesivamente diácono y presbítero, y entró como canónigo regular nuevamente en el monasterio de San Marcial. Admirado por su piedad y humildad, tiene poco tiempo después la experiencia mística que marcará su vida, y lo hará famoso entre los suyos.
Devoto de san Isidoro de Sevilla, el gran santo y sabio de la Iglesia española (cuyas reliquias se encuentran en León desde el siglo XI), estudiaba con asiduidad la Sagrada Escritura, pero se sentía inexperto en su comprensión, y pedía al santo luz para penetrar en ella. Una noche estando en oración se le aparece Isidoro, y le entrega un libro, que le manda comer. Martín tomó el libro, lo comió, y se vio lleno de ciencia infusa en torno a la Biblia.
A partir de aquel momento fue considerado, como lo narra el elogio del Martirologio Romano, «varón experto en Sagrada Escritura», admirado por su sabiduría por todos los que lo rodeaban. Escribió una concordancia del Antiguo y del Nuevo Testamento, así como una colección de sentencias escriturísticas de los Padres de la Iglesia, género que estaba muy en boga en aquel tiempo.
Murió por causas naturales el 12 de enero de 1203, el día que él mismo había anunciado que moriría.
